Index of /ais/maftools/R

• Parent Directory
• ClinicalEnrichment.R
• TrinucleotideMatrix.R
• addOncoprint.R
• annovarToMaf.R
• clusterScore.R
• coOncoplot.R
• compareSignatures.R
• countMatrix.R
• dashboard.R
• detect_kataegis.R
• domainSummary.R
• drugInteractions.R
• estimateSignatures.R
• estimate_binconf.R
• extractSignatures.R
• filterCopyNumber.R
• fisherCorrect.R
• forestPlot.R
• geneCloud.R
• genesToBarcodes.R
• get_lp_data.R
• gisticBubblePlot.R
• gisticChromPlot.R
• gisticObject.R
• gisticOncoPlot.R
• icgc_to_maf.R
• inferTumHetero.R
• lollipopPlot.R
• lollipopPlot2.R
• mafCompare.R
• mafGeneSummary.R
• mafObjects.R
• mafSurvGroup.R
• mafSuvival.R
• maf_methods.R
• mathScore.R
• mergeMafs.R
• oncoPathway.R
• oncodrive.R
• oncomatrix.R
• oncoplot.R
• oncostrip.R
• pancanAnalysis.R
• plotApobecDiff.R
• plotClinicalEnrichment.R
• plotClusters.R
• plotCophenetic.R
• plotMafSummary.R
• plotOncodriveClust.R
• plotPathways.R
• plotSignatures.R
• plotTiTv.R
• plot_cbs_segs.R
• plot_vaf.R
• prepareMutSig.R
• print_mat.R
• rainfallPlot.R
• readGistic.R
• readSegs.R
• read_maf_dt.R
• refineClusters.R
• repelPoints.R
• signatureCorrelation.R
• snpMatrix.R
• somaticInteractions.R
• subsetMaf.R
• summarizeGistic.R
• summarizeMaf.R
• survGroup.R
• tcgacompare.R
• titv.R
• validateMaf.R
• writeGisticSummary.R
• wrteMafSummary.R